关于新增项目是否要取费 合同,工程,变动

我方跟甲方签的是稳定总价合同，合同中约定。因设计变动、现场签证等因素造成的合同价款增减用度计算即结算方法如下：(1)合同中已有适用于变动工程的综合单价或工程量，按合同已有的综合单价或工程量调解合同价款。(2)合同中只有类似于变动工程的综合单价或工程量，可以参照类似综合单价或工程量调解合同价款。(3)合同中没有适用或类似于变动工程的综合单价或工程量，按2009年《某某省建设工程工程量清单计价定额》及截止2011年12月1日的相关配套文件进行结算，综合费、税金按定额计取，不计办法费和规费。其中主要质料价格按合同中的质料单价执行，合同中没有的质料价格由乙方申报经甲方审批后进行调解。(4)施工过程中产生的变动、签证不计规费、办法费。现在我有份设计变动，是某一个房间变动，原这个房间天花为裸顶为乳胶漆，墙面为瓷砖，地面也是瓷砖，现在变动为天花为轻钢龙骨吊顶乳胶漆，墙面瓷砖变动为另一种瓷砖，地面也是石材，清单有轻钢龙骨吊顶乳胶漆这个清单项，而石材单价投标清单没有些项目也没有相似的，瓷砖是甲方重新认价的；问题是我现在整个设计变动报价中 新的石材组价也取规费和办法费了，审计说凭据合同约定第3条，该项清单不该该取费，得扣除该清单取费，他的说法对吗？如果对，该怎么个扣法？ 请老师指导。