关于规费的问题 费率,施工,单位

按四川的相关说明，投标时按招标文件要求报用度，结算时按取费证费率结算，施工单位投标认为招标文件表述前后不一致，向建设单位发文，要求清澈，规费是按取费证还是按上限，建设单位未予以回复，然后施工单位按自己取费证费率上报，然后中标了。现治理结算，各项问题都处理完了，但是审计认为施工单位未响应招标文件要求（按上限报)。故而应该在结算中扣除规费上限费率与取费证费率间的费率差的金额，（注，施工单位投标、结算、取费证，三者费率一致）。、 我想问的是，第一，当初的对施工单位的疑问为什么甲方未清澈？第二，当初的投标的那种情况属于废标吗，谁应对此该认真？第三，现一既成事实了，审计的处理方法合理吗？第四，施工单位应该如何保险自己的利益？