应该按合同约定的方式进行编制结算,至于与招标文件的计价方式不同,应该让审计部门去问甲方,我们应该按合同约定执行,但招标文件属于合同的组成部分,如果在协议书中约定按预算加签证结算,招标文件规定的计价方式与协议书不符时,按组成本合同的文件及优先解释顺序,协议书在招标文件之前,应该按协议书约定的方式结算。如果实在合同的专用条款里约定的,就应该执行招标文件规定的计价方式。这个问题,最好让审计部门去问甲方,一般招标文件中是规定有计价方式的,签订合同时为什么改为按预算加签证,甲方应该是很清楚的。最好的办法是你们私自做做审计部门的工作。